En la temporada 1947-48 concluyó el campeonato nacional de liga de Primera División en la cuarta posición, a 6 puntos del campeón, el F.C. Sería en la temporada 1944-45 cuando recuperaría su puesto en la máxima categoría, viviendo a partir de 1947 una de las mayores épocas de esplendor entrenados por el mítico arquero internacional Ricardo Zamora. Sin embargo, en la temporada 1943-44 el equipo desciende tras quedar en la última posición.
